L’Assemblée Générale (AG) définit les stratégies de l’association.
Le Conseil d’Administration est mandaté par l’Assemblée Générale pour exécuter les orientations stratégiques de l’association.

Le Conseil d’Administration peut mandater le Comité Opérationnel, le Conseil d’Accompagnement Scientifique et des groupes de travail, pour réaliser des actions opérationnelles.

L’ensemble des membres du Conseil d’Administration sont représentants légaux de l’ANEGJ.

Le fonctionnement de l’association est défini par les statuts, modifiable par l’AG, un règlement intérieur, complétant les statuts de l’association, modifiable en Conseil d’Administration, et une charte de l’association.